Les sessions d'enregistrement pour le nouvel album commencent dès le début de l'année 1997, à Chicago. Très vite, la collaboration avec le producteur Brad Wood prend fin et Billy annonce qu'il sera le seul producteur... Parallèlement, Billy aide le groupe de Courtney Love, Hole, et malgré les démentis de la dite Courtney, il semble que l'aide de Corgan ait été crucial sur l'abum "Celebrity Skin", plus de mélodies, des arrangements plus "léchés"... Billy travaille aussi sur l'album de Rik Okazec (ex-Cars), il figure ainsi sur certains titres (chant, guitares...). De leur côté, D'Arcy & James donnent un peu de leur temps à Scratchie records, le label monté deux ans plus tôt avec le beau frère de D'Arcy, et les frères Schlessinger des Fountains of Wayne, dont le but est de servir de tremplin pour de jeunes groupes sur lesquels les gros labels n'osent pas parier... L'enregistrement d'Adore suit tranquillement son chemin, pendant que Billy donne des conseils à Marilyn Manson pour leur prochain album, et que D'Arcy fait une incartade au sein du nouveau groupe de Jimmy "The Last Hard Men". Au mois de juin, la BOF de Batman& Robin sort, avec les titres "The End Is The Begining Is The End" et "The begining Is The End Is The Begining" et deux morceaux instrumentaux. Le prochain album contiendra officiellement une quinzaine de chansons, mais le groupe ne communique pas beaucoup d'informations... Mais fin septembre, alors que Corgan joue les producteurs avec un jeune groupe "Glow", un fait divers vient de nouveau noircir la réputation du groupe... Un adolescent de 15 ans est arrêté pour le meurtre et le viol d'un enfant de 11 ans, hors ce meurtrier précoce était un fan acharné des Pumpkins (bootlegs, site...) et les enquêteurs vont même jusqu'à faire des liens avec les textes de Billy! L'automne sera entièrement consacré aux sessions pour leur album, mais le 25 Novembre, les Pumpkins donnent un concert de bienfaisance pour les enfants de Chicago... Enfin, le 5 décembre, ils font la première partie de la première date du Bridges to Babylon Tour des Rolling Stones. ce concert est le dernier avec Matt Walker et contient 2 duos avec Marilyn Manson!L'année 1998 commence avec l'annonce officiel du titre de l'album "Adore" (prononcé comme "A Door"), album décrit comme à la fois électronique et acoustique... Les batteurs se relaient (Matt Cameron (Soungarden), Joey Waroncker (Beck) assistés par beaucoup de boîtes à rythmes. Alors que l'enregistrement est terminé et que le travail de mixage et "finition" suit son cours, James Iha sort son premier album solo "Let It Come Down", résultat d'un an et demi de travail aux bugg Studios... Son album est acoustique, plus doux et "optimiste" que ceux des Pumpkins, mais ne rencontre pas beaucoup de succès, il sera même désigné comme l'un des plus mauvais album de l'année (c'est pas de moi çà!!!)
'Adore' sort en juin 1998 et sera mis en valeur par une grande tournée dans ds lieux toujours plus originaux (jardin botanique, toit parisien, musée...). Pour faire oublier l'absence de Jimmy, Billy mise sur un batteur (Kenny Aronoff) et deux percussionistes, plus le célèbre clavier de Mr Bowie himself Mike Garson!! Les titres sont plus sombres, plus tristes, on remarque un hommage évident à la maman de Billy, décédée en 96 (For Martha, je me rappelle même d'un concert où celui-ci était aux bords des larmes en la jouant...), une introduction d'une légère et une pureté extrême (To Sheila), un single 'Ava Adore' est encore très rock, avec une ligne de basse à jouer pendant des heures ;-) et un tempo très très lent... En fait, Adore est un petit bijou, plus électronique qu'avant, moins métalleux et électriques mais plus fin et fragile...Cependant, les ventes d'Adore n'ont rien de mirobolants, Billy est déçu mais précise que les gens ne l'achètent pas car encore une fois, il est trop en avance sur son temps ;-) La tournée se déroule bien, pas de morts cette fois! Une bonne partie des sommes récoltées vont à des oeuvres caritatives (regardez-nous commeon est gentil!), à croire que depuis l'épisode Chamberlin, Billy a un blason à redorer... Puis les SP redisparaissent en annonçant un album pour la mi-99... Mais l'absence est courte et la rumeur du retour de Jimmy circule, toujours plus forte... En Avril 1999, c'est officiel: notre batteur préféré est de retour à la maison Pumpkin!S'en suit une tournée américaine métalleuse au nom, et affiches imposantes: The Arising Tour... Alors que le bonheur est complet pour les fans, certaines tensions apparaissent entre D'Arcy et Billy,mais comme toujours, on ne s'en fait pas trop, même quand celle-ci excédée déclare à la fin d'un concert d'avril qu'elle ne supporte plus ces "gamins" (c-à-d les 3 autres!) et va quitter le groupe... Pourtant, en Septembre 99, la rumeur court selon laquelle D'Arcy ne serait guère présente sur les sessions d'enregistrement du prochain album, sur ses projets solos et cinématographiques... Puis la nouvelle tombe: D'Arcy a quitté le groupe, comme çà, sans explication... Fin d'une époque, début d'un second groupe les SP II avec un vide énôÔôrme à la basse mais surtout dans le coeur de tous : les SP et leurs fans ont perdu leur maman!